Yu-gi-oh GX 4.Staffel

In der 4. Staffel verlassen Jesse, Axel, Jim, Bonaparte und Marcel die Duellakademie wieder. Es ist das letzte Jahr für Jaden, Syrus, Chazz und Alexis wobei Syrus zurück zu Obelisk Blue ging genauso wie auch Chazz. Außerdem ist ein neues Gesicht aufgetaucht der bisher noch mysteriöse Yusuke der die anderen unter Hypnose dazu brachte zu glauben das sie ihn schon seit Jahren kennen. Außerdem funktionieren einige Karten auf der Duelldisk nicht und aus den Karten steigt Dunkelheit hervor die zu Mr. T wird der nach Yusuke sucht. Yusuke wird von Jaden gerettet und versucht ihn auch einer Hypnose auszusetzten doch wirkt sie nicht da Jaden nun die Macht Yubels besitzt. Es kommt im Verlauf der Geschichte auch wieder zu einem Treffen mit Nightshroud.
Nach der Geschichte mit Mr. T und Yusuke wird gezeigt wie sich die Charaktere auf den kommenden Schulabschluss vorbereiten. Syrus erhält außerdem von seinem Bruder Zane dessen Deck.
Die Zeit der Ruhe ist aber nur kurz da schon bald Leute aus der Stadt Domino verschwinden durch den zurückgekehrten Mr. T. Axel ruft Jaden an der sofort kommt. Währenddessen muss sich Axel mit Mr. T anlegen und verliert. Als Jaden in der Stadt Domino auftaucht und von Sartorius von einer Armee Mr. Ts gerettet wird erklärt dieser Jaden dass er in ein Ablenkungsmanöver hineingelaufen ist da Mr. T nun auf der Duellakademie sein Unwesen treiben kann. Jaden will schnell wieder zurück doch arbeitet jetzt auch Sartorius für Mr. T weshalb er Jaden besiegen will doch kann Jaden Sartorius erneut besiegen und macht sich, mit dem auf dem Weg getroffenen Jesse, wieder auf den Weg zur Duellakademie. Dort hat Mr. T alle außer Atticus besiegt und in die Finsternis verbannt. Atticus will sich dem Anführer stellen der aussieht wie Nightshroud doch ist es der wahre Yusuke Fujiwara der Atticus besiegen kann. Jaden und Jesse versuchen daraufhin Yusuke zu besiegen. Nachdem Yusuke besiegt ist zeigt sich jedoch das auch er nur eine Marrionette war und er wahre Drahtzieher hinter der Geschichte Nightshroud ist. Dieser versucht die Erde seinem Reich der Finsternis einzuverleiben doch stellt sich Jaden ihm entgegen. Nach einem harten Duell (wobei Jaden auch von Yubel hilfe bekam) konnte Nightshroud besiegt werden.
Nach einigen Tagen wurden dann die Abschlusszeugnisse ausgeteilt und es gab eine große Feier. Jaden jedoch wollte sich in der Nacht heimlich allein auf den Nachhauseweg schleichen um einen tränenreichen Abschied zu vermeiden. Jedoch führte ihn sein Kuriboh zu Yugi der ihn auf eine Zeitreise schickte wo Jaden auf den Yugi traf der noch Milleniumspuzzle und Götterkarten besitzt. Beide freunden sich schnell an und wollen ein Freundschaftsduell. Das Ende des Duell ist unbekannt Jaden findet sich auf einer Straße in einer Wüste wieder und verspricht Yugi stärker zu werden. Draufhin macht sich Jaden mit, den heimlichen Passagieren in seiner Tasche, Banner und Pharaoh auf zum nächsten Abenteuer.